これは、SSDかHDDかになりますね。
まず、あまりややこしいことをやっていないほうが壊れにくいという点を重視。
ちょうどいい時期なのか、価格と性能面で、いろいろといいものが出てきている。
データディスクは2つにするというのが、ベタっぽいので悩みどころです。
・起動ディスク、壊れてもいい、あるいは、性能が良く壊れにくい。100GBもあれば十分。
・データディスク、アクセスが少ない分で性能が良くなくても壊れにくい。500GBとか。これはUSB3.0とかで外においても安いし、省電力になる。ベタには高容量かつ安いHDDを選ぶ。

どれか
・一括1TBのSSDあるいは、一括512GBのSSD（NUCも考慮するならKRHK-mSATA/S7などでmSATAをSATAに変換しておくのも手かと。その際、速度低下は起きない ^[1]mSATA SSDを変換アダプターでフル活用!!（2013年03月21日、ascii.jp））
・128GB起動ディスクSSD + データディスク500～1TBはSSDかHDD

SSD, 2.5インチ

SSDは読み込み速度はRead 400～500MB/sで、HDDと違い細かいファイルの読み込みが爆速です。6.0GbpsのSATA(SATA3.0)で接続しない場合、マザーボードが3.0Gbps(SATA2.0)の場合は、350MB/sくらいに下がりますがそれでも十分早いです。速度よりもデータが全滅するので、壊れにくいほうが重視されるとは思う。

Intel「Solid-State Drive 730」が出てきました。これはデータセンター向けの「DC S3700/S3500」の下位版で、コンシューマ向けの「Solid-State Drive 530/335」の上位版。違いは、想定稼働が24時間365日を想定し電源切断にも強いということ、下のMicronと比べて1日あたり70GB書込で5年間を想定。コントローラが、第3世代のデータセンター向けと同じもの「PC29AS21CA0」のオーバークロック版 ^[2]『DOS/V Power Report』2014年5月号。17ページ。。NANDメモリは128Gbitで、製造プロセスが20nm。 ^[3]『DOS/V Power Report』2014年5月号。19ページ。

・SSDSC2BP480G4R5(480GB) 54,800円（GB単価114円）
・SSDSC2BP240G4R5(240GB) 28,280円（GB単価117円）
・SSDSC2BP480G410(480GB) 54,780円（GB単価114円）
・SSDSC2BP240G410(240GB) 27,780円（GB単価115円）
（・価格参照：サハロフ佐藤の相場月報 2014年3月号【 調査日：2014年3月1日～3月22日 】）

Micron「Crucial M550」が出てきました。これはMarvellの「88SS9189-BLD2」というコントローラで、バッファは128GBだけ公開され512MB ^[4]『DOS/V Power Report』2014年5月号。20ページ。。NANDメモリに64Gbitを用い、128Gbitよりアクセスが早いとされる。MTTF（平均故障時間）120万時間、TBW（総書き込み容量）は72TB、1日あたり40GBのライトを行なった場合で5年間に相当とのこと ^[5]Micronの最新SSD「Crucial M550」（2014年3月28日、AKIBA PC Hotline!）。

・1TB 54800円 （GB単価53円）
・512GB 35800円 （GB単価69円）
・256GB 17800円 （GB単価62円）
・128GB 10500円 （GB単価82円）

・Intel SSDの新モデル「730」が発売、1日70GBの書き込みで5年保証（2014年3月13日、AKIBA PC Hotline!）
・Micronの最新SSD「Crucial M550」（2014年3月28日、AKIBA PC Hotline!）
・Plextorの最新SSD「M6」シリーズが5日に発売、税込8千円から（2014年4月3日、AKIBA PC Hotline!）
ここのところ他にもSSDの発売ラッシュです。

DOS/V Power Reportのベンチとレポ

Intel Solid-State Drive 730(2014-05) Micron Crucial M550(2014-05) Samsung 840 evo mSATA(2014-02) Seagate 600 SSD(2014-01) Intel Solid-State Drive 530 2.5 & mSATA(2013-10) SanDisk ExtrimeII(2013-08) Intel DC S3500(2013-07) Micron Crucial M500(2013-06)

Crucial SSD 2000GB 内蔵2.5インチ 7mm MX500 (9.5mmアダプター付) CT2000MX500SSD1/JP

Amazon

SSD, mSATA

Micron「Crucial M550」
・512GB 35800円 （GB単価69円）
・256GB 17800円 （GB単価62円）
・128GB 10500円 （GB単価82円）

Windows10+(Crucial) SSDな環境でディスクの使用率が100%になってハマった話（knot-foundの日記、2016年3月12日）設定に注意ですね。

以下は高いし、ややこしい技術と判断。NUCでは使いにくいです。

・Plextor初のPCIe SSD「M6e」が発売、128GBで2.2万円 （2014年3月28日、AKIBA PC Hotline!）

HDD, 2.5インチ

SeagateのST1000LM014は、SSHDという技術でHDDをキャッシュ面でSSD的に高速化させるとのことで、読み込み速度がRead 100MB/sくらいで3.5インチの半分、実際の以前のモデルと計測速度が変わらずで使用感が2倍の早さで、アイドル時1.5Wの後負荷時3.8Wの省電力です。 ^[6]『DOS/V Power Report』2013年6月号。17ページ。 この特性は、起動ディスクにOSを入れて反応速度が増すという感じではないだろうか。単にデータ貯蔵ならSSHDではなくてもいいのでは。

東芝から出ている同様のものは型番がMQ01ABD100H。どっちも、1TBで万円くらい。普通の2.5インチの1TBびHDDで8000円くらいするので、起動ディスクとデータ貯蔵にこれ一つだけを使う用途なら、SSHDでもいいのかも。

これはベンチ上では東芝のほうがいいですね。

・SEAGATE Laptop SSHD 1TBモデル ST1000LM014のベンチマーク （2013年3月31日、PINUPS – 上田新聞 blog版） Seagateのは、Read100超えたくらいで、4KBの読み込みが通常のHDDに近い。
・大容量でけっこう速い“ハイブリッドドライブ”とは何だ？──dynabook Satellite T772＆T652で試す (2/2)（2012年12月28日、ITMedia）東芝のはRead140とかで4KBがSSDの感じになっている。この記事にあるように東芝のほうがノートPCからの技術の蓄積があり、SSHDに慣れているのかと。

比較対象に東芝のSSHDが載っていて、やはりSeagateよりぜんぜん早い。 ^[7]『DOS/V Power Report』2014年2月号。13ページ。さらに東芝が信頼の高いSLC、SeageteがMLCなのでここは東芝一択ではないかと思われます。

WD Blackは少し特殊で2.5インチHDDにSSDを載っけてある。SSD部分は早いけれど、ドライバを入れてから認識するという特殊性から見送りです。

傾向としては3年位前から、2.5インチHDDが500GBプラッター、3.5インチHDDが1GBプラッターなので、このプラッターの容量が増えない限りさらに高速というのは起きにくいです。

HDD, 3.5インチ

SEAGATE ST1000DM003は、
1TBプラッターの日立のHDS721010DLE630よりも新しい。
ST1000DM003は、Read200MB/sくらい出ますので。HDS721010DLE630の170くらいより早いです。どちらでも速度的にも問題ないです。

・ST1000DM003 1TB 6000円くらい（GB単価6円）

SeagateのST1000DX001 は、これもSSHDで1TB9000円くらい。2013年の夏に登場し、8GBのフラッシュメモリを搭載。

・[新製品]Seagate ST2000DX001 (2013年8月24日、Akiba PC Hotline!)

5TB、6TBの製品は、単に容量だけを見れば出ています。

衝撃に強いやつが出てますね。
・トランセンド、ミリタリーグレードの耐衝撃ポータブルHDD「StoreJet 25H3」にブルーモデル追加（2014年月16日、エルミタージュ）

USB3.0メモリ

USB3.0メモリの64GBでも3500円から6000円くらいなので、ここにOSを入れようと思えば入りますね。HDDを見ると、同価格で壊れにくく早く1TB使えてしまいますが。